浮游生物
共記錄 15 門、24 綱，至少 102 種群，其中以矽藻綱與綠藻綱的種類最為豐富。
保護區簡介
藻礁是由無節珊瑚藻（crustose coralline algae）在硬基質上生長而形成的生物礁。相較於珊瑚蟲形成的珊瑚礁，藻礁和珊瑚礁一樣會形成碳酸鈣的骨架，但在生成環境上有所差異。珊瑚礁通常需要溫暖且清澈的海水才有辦法形成；而珊瑚藻的耐受性較珊瑚蟲強，因此能生長在一些環境較差，不利於珊瑚礁生成的環境裡，包括光線昏暗的深水地區、易受浪潮打擊的潮間帶區、鹽度變化較大的泥沙岸以及濁度和營養鹽濃度高的河口環境中。
根據最新的生物資源調查，本保護區展現了極其豐富的生物多樣性，其成果遠超乎過去的認知。調查範圍涵蓋了浮游生物、各類藻群、無脊椎動物、魚類、鳥類以及河口植被等多個生態類群，具體成果摘要如下：
豐富的生物多樣性
藻類
作為生態系的基礎，藻類資源豐沛，共涵蓋 3 門 19 科，至少 34 種大型藻類；造礁藻類亦有 1 門 9 科，至少 42 種群，是構成藻礁生態的關鍵。
無脊椎動物
種類極為繁盛，共記錄了 12 門、20 綱，超過 300 種群。特別值得注意的是，刺絲胞動物門的物種至少有 6 種，其中包括名列一級保育類野生動物的「柴山多杯珊瑚」。
魚類
共調查到 55 科 136 種魚類，以蝦虎科、鰕科、鯔科與鯛科為優勢物種。
鳥類
此處亦是重要的鳥類棲地，共記錄 40 科 74 種。其中包括游隼、魚鷹、小燕鷗、唐白鷺等 8 種二級保育類野生動物，以及紅尾伯勞、大杓鷸等 3 種三級保育類野生動物。
周邊植被
在新屋溪出海口區域，包含水筆仔與海茄苳組成的紅樹林、木麻黃防風林、蘆葦濕地高草本等 9 大類棲地，顯示了從藻礁到陸域的完整生態樣貌。
本次全面的調查結果，不僅說明了過去的研究明顯低估了藻礁的生物多樣性及豐度，更突顯了此生態系的獨特性。若與台灣其他沿岸重要濕地比較，觀新藻礁的動物密度驚人，約為高美濕地的 5 倍，香山濕地的 8 倍。尤其在環節動物與節肢動物的數量上特別豐富，這證明了藻礁生態系擁有獨一無二的物種組成與棲地價值，亟需就地進行保育，以保護這片珍貴的海洋資產。
據上，市府業於 103 年 7 月 7 日以府農植字第 1030161744 號公告為「桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區」在案，刻正投入經費與資源進行保育工作。
藻礁動物小故事
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沙灘上的小建築師 — 方蟹的沙球地圖
取食方式會留下大量小沙球，適應快速潮起潮落的沙質灘地；以沙中有機碎屑、微型藻類為食；翻動表層沙粒、促進養分循環，是沙灘沉積環境的重要工程師。
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海洋的隱形忍者 — 短角真烏賊的變色術
多在黃昏、夜間活躍；以小魚、小蝦等為食；近岸食物鏈的重要掠食者，也是許多魚類與海鳥的食物來源。
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藻礁的紅眼勇士 — 司氏酋婦蟹的守護戰術
螯大而有力，眼睛呈紅色；行為具有領域性，是藻礁生態系中活躍的捕食者與清道夫。
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潮間帶的小清道夫 — 角螺的日常
殼表面有顆粒狀突起或紋路，像小塔。主要以藻類為食，利用齒舌刮食岩石。控制藻類過度繁殖，是維護潮間帶生態的重要成員。
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潮間帶的虎紋戰士 — 馬蹄螺的覓食冒險
馬蹄螺的牙舌（radula）可以像小鋸子一樣鋸開藤壺外殼，然後伸出消化管直接吸食獵物的肉體，堪稱潮間帶的「肉食者」。
